Avec l’instauration du protectorat, en 1881, l’administration développa les instruments de sa politique. Elle lança un appel pressant à des médecins français de haut niveau pour venir en Tunisie, afin d’atténuer l’influence des médecins italiens et compenser leur nombre. Elle procéda au renforcement des mesures de quarantaine et instaura une police sanitaire maritime pour parer aux épidémies.
En 1886, un hôpital militaire fut érigé dans le quartier d’El Omrane, avec quatre annexes à Sfax, à Gabès, au Kef et à Gafsa, indépendamment de l’hôpital Sidi Abdallah, créé en 1899, près de Bizerte, destiné à la marine française.
Le Journal Officiel de Tunisie de l’année 1892 indique que la Régence comptait 106 médecins dont 47 étrangers diplômés exerçant à Tunis et dans les grandes villes et 59 médecins tolérés, pour la plupart musulmans, répartis sur tout le territoire.
En 1894, un hôpital israélite fut créé à l’initiative des médecins juifs livournais.
En 1898, l’hôpital Civil Français remplaçait l’hôpital Saint Louis. Il comprenait à ses débuts 190 lits. D’abord réservé aux Français, il fut, en 1925, ouvert aux israélites.
La colonie italienne ne pouvait demeurer en reste. En 1900, elle édifia sur la colline de Montfleury, un grand hôpital de 200 lits financé par ses ressortissants, avec la contribution du gouvernement italien.
En 1899, le Dr Brunswick-Lebihan, interne des hôpitaux de Paris, arrivait en Tunisie. En 1902, il fut promu au poste de directeur et de chef de service de Chirurgie de l’hôpital Sadiki. Animateur de talent, il créa une école d’auxiliaires médicaux et organisa un service de médecine qui fut confié au Dr René Broc, assisté par le Dr Hassine Bouhajeb, deuxième médecin tunisien diplômé des facultés françaises. Une femme, le Dr Gordon, assurait la consultation féminine.